Foi construída em 1719 e sofreu alterações em 1753.

A fachada da igreja apresenta duas torres sineiras e no seu interior podem-se observar algumas obras de Vieira Lusitano. O tecto da nave é todo preenchido por pinturas. Na decoração do interior da igreja foram utilizados diversos mármores e talhas douradas.

No interior é de salientar ainda, o túmulo de D. Mariana Vitória, mulher do rei D José I. Esse túmulo, obra de Machado de Castro é considerado monumento nacional.

A Igreja de São Francisco de Paula encontra-se situada na freguesia dos Prazeres em Lisboa.

Esta igreja foi classificada pelo IPPAR, como Imóvel de Interesse Público em 17 de Novembro de 1977 pela portaria n.º 709/77 do Diário da República (I Série), n.º 266.